針對連宋陣營質疑本次大選廢票過高問題,陳水扁總部發言人吳乃仁表示,本次總統大選有效票之認定,較以往更為嚴格,因此廢票才會增加。有效票認定標準採嚴格標準,主要係為防止賄選,認定標準由中選會制定,經立法院朝野政黨無異議備查通過。吳乃仁分析,廢票比例最高縣市,第一名是雲林縣(4.0%),第二高是金門縣(3.7%),均是泛藍執政縣市,顯示廢票增加是認定標準嚴格。廢票比例最高的前六名縣市,藍綠各半,證明廢票認定與政治立場無關。(前七名依照廢票比例依次為雲林、金門、宜蘭、彰化、嘉義、宜蘭、苗栗、桃園)
針對媒體刊載小女孩投公投票一案,吳乃仁表示經過查證,那位選舉人是罹患白內障女士,再獨自投完總統票後,請兩位小孫女代為圈蓋公投票後,並投入票櫃,投票人經媒體採訪也已經證實上述說法。而縣長夫人在場等候投票,因其並非選務人員,無法當場制止。吳乃仁表示,這件事是單一事件,投票人有違規但沒有涉及選舉舞弊。
針對包道格拜訪問題,吳乃仁說,美國官方並未如媒體所稱介入驗票或是居中斡旋處理選舉糾紛,AIT理事主席包道格拜訪雙方候選人,係選前安排好的行程,為美方的禮貌性致意。部分媒體把美方例行工作,說成是介入選後糾紛,是惡意扭曲的解讀,也是破壞美台關係的做法。
吳乃仁說,美國上次的總統大選是以司法判定宣告布希當選,台灣則是以中選會的宣告為準。目前總統副總統當選人已經確定為陳水扁和呂秀蓮,如果要判定選舉無效或當選無效,也是要經由選舉訴訟。