針對中選會決定大選與公投錯票匭選票無效,陳水扁總部發言人吳乃仁表示,中選會應該盡速結束選務爭議,而連宋陣營也不應該再找理由杯葛公投。吳乃仁說,此次大選投票採取兩階段領票與兩階段投票的政策,就是馬英九市長與泛藍陣營堅持的做法,雖然這種做法與過去台灣舉辦選務的慣例不同,但是,為了讓選務順利,民進黨政府一再遷就忍讓,不想橫生枝節。但是,我們也要指出,馬市長當時推銷兩階段投票所提出的說法,是這樣不會投錯票匭,馬市長既然說投錯票微乎其微,又說投錯票算有效票會引發糾紛,甚至有做票的可能。吳乃仁說,馬市長是自打嘴巴!他只是在找理由反對公投!
吳乃仁說,泛藍的做票說,是侮辱選務人員、看不起台灣人民智慧的說法。台灣的民主政治已經成熟到可以接受任何選舉結果的程度,泛藍陣營的領導人這種毫無根據的暗示,是沒水準的政治口水,更是隱含激化泛藍選民的不道德煽動。吳乃仁說,希望連宋陣營對於選務的攻擊到此為止,支持一下選務人員,讓他們安心地準備選務工作。
針對中台禪寺抗議風波,吳乃仁發言人表示,競選總部不贊成任何支持者到中台禪寺抗議,因為惟覺老和尚的激情表現,相信社會各界都已經有所評價,包括佛教徒在內的選民都不會認同將大雄寶殿當作造勢舞台,在佛祖面前喊當選這種行為,但是基於民主社會尊重多元價值的原則,競選總部呼籲,請不要向中台禪寺或分支機構抗議。