對於李遠哲、林懷民及王永慶先生的聲明,陳水扁總部發言人吳乃仁表示,李遠哲院長立場一直以來並無二致,媒體不應解讀為李遠哲的立場改變了。我們看到,李遠哲院長對於政黨輪替後的政治惡鬥,其實是有很深的感受;在八十九年十二月時,李遠哲院長也曾呼籲政黨停止內耗,而當時國親卻以「朝野有在內鬥嗎?」,來回應李院長的談話,同樣的話,一年半前說國親嗤之以鼻,一年半後卻拍手叫好,顯見國親正是為反對而反對,是挑起政黨內鬥的元兇。
吳乃仁表示,李遠哲先生正是政治惡鬥的受害人之一,去年七月連戰曾點名李遠哲院長須對教改亂象負全部責任,把教改問題推給李遠哲,並要求李遠哲先生辭去「高教審議委員會」召委一職。我們很清楚,李遠哲院長一路來不改初衷,國親對於李遠哲院長卻是選擇性地解讀,立場反覆以外,還對於李遠哲院長進行過人身攻擊,這不是只問立場不問是非的政黨惡鬥嗎?相信大家都看的很清楚。
吳乃仁說,負面競選是連戰陣營發起的。連宋的負面文宣事實上,從政黨輪替後始終沒有停下來過,從今年八九月開始,國民黨的電視廣告,除了一支個人廣告外,其他六支廣告都是負面文宣,這種沒有政策指向的做法,才是我們反對的。而對於連戰誠信的質疑,我們認為這是選舉的基本問題,候選人本來就有義務說清楚,這絕對不是負面競選。
另一位發言人陳其邁立委也表示,對於當時連戰的批評,李遠哲院長曾痛斥連戰藉教改抹黑他,如今連戰對李遠哲院長的談話表示敬佩,甚至引用來批評民進黨,是顛倒是非、荒謬可笑。