行政院陸委會與海基會之間再度發生衝突。在李登輝總統公開批評北京政府是「土匪」之後,陸、海兩單位未能在「中國政策」上取得共識,卻把陸委會逃避責任的習性歸咎於「怕遭民進黨批評」,本黨發言人蘇貞昌秘書長作如下表示:
一、國民黨的「大陸政策」從來是消極而且模糊,正如在台灣主權、國際地位的問題上那樣模稜兩可,以致與北京談判無力,進退失據。陸委會凡事逃避,就像國民黨在外交事務方面畏罪潛逃,任何人擔任「大陸政策」執行者,必然徒勞無功。
二、自海基會設立以來,秘書長人選已歷經陳長文、陳榮傑、邱進益等人。海基會除了為台灣社會帶來困擾,未嘗在海峽關係事務上開拓新局。焦仁和對陸委會的抨擊,並不使人意外。
三、焦仁和係民間機構的秘書長,竟然越權妄想加速所謂「國統綱領」步驟。國民黨體制之混淆不清,由此可見。
四、本黨負有監督政府的任務,凡有違背台灣人民利益的政策,必嚴予揭露批評。陸委會成績不彰,而害怕本黨的批評,再一次暴露了政府官員的顢頇無能。
五、自千島湖事件發生以來,已經充分證明海基會的存在是多餘的,對台灣人民的安全保障毫無助益。政府必須重新評估中國政策的可行性,否則繼續盲目誤導,將使更多台灣人民的性命陪葬。