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針對行政院宣布，WHO幹事長陳馮富珍4月28日致函衛生署葉金川署長，以「中華台北」（Chinese Taipei）的名義、觀察員的身份出席5月18日至27日第62屆WHA。民主進步黨主席蔡英文今(29)日表示，如果只是一次性邀請，又是在主權問題仍舊疑雲重重的情況下，這項邀請不具有實質意義；如果馬政府把它當作是外交休兵政策換取而來的重大外交收穫，言過其實而且非常不恰當。

蔡主席指出，邀請函內容看起來是一次性的邀請，而邀請成為WHA觀察員資格的規則根據也不清楚，同時在這次邀請中，也沒有釐清2005年中國與世界衛生組織所簽訂MOU中，一個中國框架的問題，顯然這次邀請是經過中國同意。馬政府極有可能利用大眾對H1N1新型流感的恐慌，放棄台灣參與WHA所應堅持的主權原則。

民進黨中國事務小組針對台灣參與WHA議題，由文宣部主任鄭文燦及醫界聯盟代表林世嘉報告重點如下：

由於參與WHA涉主權、外交及公衛專業，民進黨有必要對於WHA議題所涉及的台灣主權地位的處理，深入探究，避免台灣的主權受到傷害。

目前WHA常駐觀察員有教廷、馬爾他騎士團、國際紅十字會、國際紅十字會暨新月聯盟、國際國會聯盟、巴勒斯坦等六個。其中教廷是主權國家，巴勒斯坦是依照UN及WHA的決議參加。

由於今年台灣並未主動申請參與WHA，也沒有經過WHA的正式決議，而2005中國與世衛秘書處的諒解備忘錄(MOU)也仍然存在，因此，馬政府此次參加WHA，是與中國協商並經過中國同意，形同接受具有一中框架的2005年MOU。

民進黨對於此一議題的三項要求如下：

1. 台灣參加WHA應以大會正式決議為基礎：一為符合世衛相關規範，二為確保我得年年參與，三為賦予我國主權地位的解釋空間，不會因為加入世衛，默認一中框架。

2. 我們要求廢除2005年中國與WHO秘書處所簽訂之諒解備忘錄（MOU）：觀諸當前世衛大會各類型觀察員，並沒有參與會議還需得另一國家同意者，既然如此，該MOU已無必要更應公佈後廢除。

3. 依據2005國際衛生條例（IHR）下台灣所設之通報點，其功能與運作應同其它國家，不能有差別待遇，會員權益不能打折扣。