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台灣是一個民主國家，在處理卸任總統的司法案件，應該謹守客觀的法律原則，避免主觀的政治偏見，才能維護台灣的民主價值。我們看到一審過程中，有許多違反程序正義的瑕疵與爭議，例如延押及換法官的這些事情，在如此的程序瑕疵和爭議的情況下，今天還如此的重判，印證了外界的疑慮，也同時讓人難以信服。

陳水扁總統的國務機要費案和馬英九市長的特別費案，由同一個法官審判，但是結果卻完全不同，一個是判無期徒刑，一個是無罪判決。這樣的落差，很難讓社會接受。

民主進步黨對於整體司法制度仍有期待，但對於一審的過程及結果深感遺憾！我們支持陳前總統在二審及其後的司法程序上，捍衛自己在法律上的權益。同時，我們也要求一審過程中不公的這些錯誤，在二審時應該受到監督與改正。

民進黨主張，在一審判決之後，已經沒有繼續羈押陳前總統的必要性，我們要求停止羈押，給予陳前總統完整行使訴訟防禦的權利。

對於二審法官的選任，我們要求高等法院應該以透明公開方式，依照法律程序選任，並接受社會的監督。

我們要呼籲各界，尤其是執政黨，不要企圖政治消費扁案，移轉社會焦點掩飾執政無能。我們也要呼籲，外界不要以刺激性的言論，在傷口上灑鹽，造成社會情緒對立。

不管支持或者反對陳前總統的朋友，我們要誠懇指出，從本案審理過程中我們看到司法制度諸多的缺陷，造成政治干預司法，及法官偏見左右判決，也看到了羈押制度對於人權的傷害。我們希望，社會各界可以聚焦在司法人權，共同支持司法改革。

我們要求兼任國民黨主席的馬總統，國民黨在立法院擁有四分之三的席次，他有責任支持並促成「刑事訴訟法」以及「法官法」的修改，改革違反人權的羈押制度，並淘汰不適任的法官。民進黨在去年已經提出「刑事訴訟法」修正案，我們要求在最短的時間內完成修法。

我們要特別說明的是，清廉是民主進步黨不變的價值，也是政治人物獲得人民信賴的基礎，清廉與否的判斷，應該透過公正的司法，並且以明確的標準加以檢驗。台灣人民對於民主進步黨是有期待的，這是民主進步黨應該珍惜的託付。陳前總統匯款海外的行為，混淆公私分際，違反民進黨的廉政條例；對於政治資金的管理，引發政商關係的爭議，未能符合社會的期待；疏於對家庭成員的約束，以致於衍生許多負面批評。民主進步黨認為這些仍然是陳前總統應該負起的政治責任。