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勞委會研究報告與經濟部委託中經院所做報告相同，均採用全球貿易分析模型 (GTAP)及一般可計算均衡模型。此模型本身為「充分就業」模型，用此模型推估會增加多少就業機會或減少多少工作機會，根本違背模型的假設。

勞委會報告中，未簽訂ECFA下受影響人數為4萬4千人，與經濟部報告不同，亦與馬英九的說法不同。馬英九2月份表示，中國加入東協後，如果未簽訂ECFA，台灣失業人數將高達11萬4千人，此說法我們日前曾質疑馬英九高估24倍，但政府至今都並未答覆。而馬政府均挑對自己有利的說法，因此各部會數字也不一致，也未提出說明。

馬政府官員表示，參數是人為給予的，這些參數影響了最後的結果，但這些參數卻可能與未來的情況截然不同。這也解釋了使用同樣的模型，為何勞委會和經濟部的結果不同。不但要給予對自己有利的參數，更要經過所謂的「專業調整」。中經院最初的研究報告，指簽訂ECFA，台灣電子資訊業的產值將減少3500億元，經濟部卻進行「專業調整」，將電子業的損失一筆勾消。此顯示馬政府所有的數字都是在欺騙人民，並假借專家之名，誇大ECFA的效果。

勞委會報告指出，簽訂ECFA最大受益的就業職種以服務佐理人員、操作工及體力工及技術工為主，這與大家印象不同，中國勞工來台，應是低階勞工較易受害。馬政府先前都表示ECFA是對石化業有利，但石化業並沒有多少的體力工，此研究結果明顯與事實不符。並且，若勞委會報告準確，那不就表明受害的是白領勞工了？而無論是否簽訂ECFA，雇主都會進行大量自動化以降低成本，勞委會的說法根本是騙人。

GTAP及一般可計算均衡模型，係假設勞工在不同產業間可自由移動，受害產業勞工可移動至受益產業。但事實上，受害的製鞋工人根本不可能去受益的石化業工作。勞委會未指出此模型的盲點，完全欺騙勞工。