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1.還好租稅協議沒有簽：台灣至少省下了300億元的稅收。

2.衝擊台商在中國的龐大投資：根據英國經濟學人雜誌的估計（2009/5/9），台灣在中國的投資高達4千億美元。相較於台商在中國的投資，中國在台灣的投資很少，且未來也不可能如此大量來台投資。因此，兩岸租稅協議的簽署對台灣是弊大於利。

3.雙重課稅問題其實不大：中國是一個有資本管制的國家，對於外匯的兌換設有嚴格的限制，且台灣的所得稅率又比中國低，因此目前多數台商及幹部選擇在台灣繳稅，把大部份企業的獲利及個人所得留在台灣。在兩岸課稅資訊不互通的情況下，目前其實沒有所謂的雙重課稅問題，即使有問題也不大，更何況，兩岸人民關係條例本來就有避免雙重課稅的規定。

4.對多數的台幹沒有幫助：財政部的說帖，指稱如果台幹在中國工作一年少於183天，協議簽署後可以降低稅負。但是目前的80萬台商，絕大多數都是常年在中國工作，根本無法受惠。

5.侵蝕稅基，稅收損失數百億元：未來兩岸租稅資訊透明化後，由於台商的生產基地主要是在中國，依據「移轉定價」的協議，在屬地原則下，中國政府可單方面決定，就這些具有中國來源的所得予以課稅，屆時台灣稅收就會因此減少數百億元。也就是說，台商原本在台灣繳稅，以後必須改成在中國繳稅。此外，台幹在台灣申報的綜所稅也同樣會減少。舉例來說，一個年收入110萬元的台幹，原本可以在台申報60萬元所得，繳納6萬元的稅，協議簽署後，110萬元全部都要在中國申報，保守估計類似情況的台幹若有50萬人，台灣稅收的流失就會高達300億元。

6.台商面臨查稅及政治脅迫的風險：如此一來，台商不但稅負加重，失去正當的節稅管道，更可怕的是，中國訂有反避稅條款，而且逃漏稅者須負刑事責任。如果中國政府利用查稅的手段脅迫台商，後果更是不勘設想。此外，如果資訊互換協議沒有「溯及既往」的限制，將來許多台商可能陷入被中國政府無限期查稅的惡夢，每天擔心稅務機關隨時會來敲門。財政部長李樹德表示，只有重大逃漏稅的部份可能面臨查稅，但是何謂重大逃漏稅？由誰來定義？