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雙方同意在符合雙方各自僱用於船船員規定下，進行近海、遠洋漁船船員勞務合作，並採不同的管理方式。然而，大陸漁工的審核及篩選機制為何，卻未明確表明，貿然簽訂，已有圖利中、台雙方特定仲介團體？此外，綜觀協議本文，我們不難發現對於台灣船員及船主來說，無具體及顯著的益處，且協議一旦生效，亦將承諾對大陸漁工薪資和福利的保障。更令人憂心的事，往後大陸漁工上岸將成常態，同時排擠本勞工作機會外，並增加國內治安、逃脫非法打工、健保負擔等社會成本。

在兩岸農產品檢驗檢疫合作協議上，各國仍須符合WTO所訂定的國際規範做為檢測農藥殘留之標準，然而在「不歧視原則」下，允許各國自訂可達成之檢測標準。以現況來說，目前台灣有能力檢測的農藥殘留項目高達600多項，反觀中國僅能檢測100多項。如今兩岸協議的簽訂，勢必得迎合中國之檢測標準，其結果將導致原本無法通過台灣農藥殘留檢測標準中國農產品得順利進口台灣，此舉將嚴重影響國人健康。此外，協議的落實將造成其他國家對台灣農業防疫標準的質疑，在隨著中國農產品進口並夾帶不知名的病蟲害入侵下，使台灣原有之高價優質農產品遭受感染，導致台灣農產品成為疫區且喪失原有之外銷競爭力。而對中國農產品的需求依賴也將日益加劇，不僅貿易逆差嚴重擴大，更形成嚴重的磁吸效應。