針對連宋陣營批評吳乃仁也曾經提出邦聯制可以討論的說法,陳水扁競選總部發言人吳乃仁今日(27日)提出回應,連戰先生在辯論會上被問到是否主張推動邦聯制,連戰先生完全的加以否認,但是連戰在其「連戰的主張」一書中白紙黑字清楚的提到邦聯制的構想,之後連戰在國民黨中常會中也報告過,甚至於連戰也提議修改中國國民黨黨綱加入此一主張,難道連戰的主張一到選舉時,如果產生爭議,都變成不是他的主張?這種言行不一,不敢負責任,說謊逃避的人,如何可以成為國家的領導人,吳乃仁認為,邦聯制當然可以討論,至於要不要接受邦聯制,需要由全體台灣人民來決定,連戰若有提出過邦聯制,就應該要誠實承認,大家不清楚的是,連先生為何要言詞閃爍,全盤否認。
針對趙少康在立法院推動拒領公投選票運動,以及部分法律人聯名反公投,吳乃仁表示,大家明顯可見,有些參與連署的大法官都是在國民黨執政時期所任命的大法官,他們現在會出來反對公投,一點都不感到意外,國民黨前秘書長許水德曾經說過「法院是我們家開的」,這些人能否堅持司法獨立的立場,以及其政治立場為何,都是一個問號。吳乃仁表示,趙少康先生,如果是一個媒體人,他想發起任何活動,當可透過媒體本身來發起,為何會特意跑到立法院去發起這項運動,大家應該都了解。趙先生本身鮮明的政治立場,是否利用媒體人的身分,作為掩護來替某候選人操弄媒體議題,相信民眾自有公斷。
新聞部主任鄭文燦則表示,有些政治傾向鮮明的學者公開反公投,我們也不意外,因為他們向來如此,過去在台灣民主化的歷程中,他們之中有些人都還扮演「威權辯護士」的角色,這些反公投的主張與他們長期反民主的言論是一致的。但是,我們要指出,部分學者不應淪為特定政黨動員反制「公民主主之光」學界連署活動的工具,這種做法是喪失了作為學者的自主性。